Historia obecności franciszkanów na Nowym Mieście w Warszawie sięga 1645 r. Od tamtego czasu była ona wielokrotnie naznaczona dramatycznymi doświadczeniami tracenia tego miejsca i uporczywego powracania do niego. Najpierw, podczas potopu i szwedzkiej okupacji miasta, 3 II 1657 r., pierwotna drewniana świątynia zostaje doszczętnie spalona przez nieżyczliwego sąsiada, którego kronika klasztorna opisuje jako Niemca, heretyka (= protestanta) zwanego kapelusznikiem.

Homilia Papieża Franciszka wygłoszona  podczas Mszy św. w Asyżu 4 października 2013 r. Bądźmy narzędziami pokoju „Wysławiam Cię, Ojcze, Panie nieba i ziemi, że zakryłeś te rzeczy przed mądrymi i roztropnymi, a objawiłeś je prostaczkom”(Mt 11,25). Pokój i dobro wszystkim! Tym franciszkańskim pozdrowieniem dziękuję wam za przybycie tutaj, na ten plac pełen wymowy dziejowej