Historia obecności franciszkanów na Nowym Mieście w Warszawie sięga 1645 r. Od tamtego czasu była ona wielokrotnie naznaczona dramatycznymi doświadczeniami tracenia tego miejsca i uporczywego powracania do niego.
Najpierw, podczas potopu i szwedzkiej okupacji miasta, 3 II 1657 r., pierwotna drewniana świątynia zostaje doszczętnie spalona przez nieżyczliwego sąsiada, którego kronika klasztorna opisuje jako Niemca, heretyka (= protestanta) zwanego kapelusznikiem. Po kilku latach na zgliszczach bracia wznieśli nowy kościółek.
Za drugim razem zakonników z Zakroczymskiej próbowała przepędzić zaraza, która w latach 1708-12 zdziesiątkowała ludność miasta. W klasztorze przy życiu pozostał tylko jeden zakonnik.
Trzecią próbę wypędzenia franciszkanów podjął w 1802 r. pruski zaborca wkrótce po III rozbiorze Polski. Na nasze szczęście dla nas dekret kasacyjny nie zdążył się w pełni uprawomocnić przed wyjściem przez Niemców ze Stolicy.
Czwarta z kolei próba doszła niestety do skutku – władze carskie w ramach szykan za wspieranie Powstania Styczniowego w 1866 r. zmuszają zakonników do opuszczenia miasta. Ostatni zakonnik wyjeżdża w 1869 r. Kościół zostaje przeznaczony na świątynię garnizonową dla katolików służących w armii carskiej,
a klasztor sprzedany.
Do Stolicy franciszkanie powracają w 1919 r. – po równo 50. latach – na zaproszenie abpa warszawskiego Aleksandra Kakowskiego. Okres międzywojnia to długotrwały proces odzyskiwania zakonnego mienia, a także owocny czas powrotu do otwartego duszpasterstwa. Reaktywowany zostaje Trzeci Zakon, męski chór i Bractwo św. Antoniego. Z zapałem przystąpiono też do rewitalizacji kościoła. Zakroczymska stała się na nowo jednym z centrów duchowych Stolicy.
Ten stosunkowo dobry czas zostaje przerwany przez wybuch II Wojny Światowej. W grudniu 1939 roku hitlerowscy okupanci zamierzali franciszkanów przesiedlić, aby tę część miasta przeznaczyć na getto. Ostatecznie zakonnikom udało się obronić przed eksmisją – granice getta zostały określone na linii kościoła.
W czasie Powstania Warszawskiego kościół i klasztor stają się miejscem schronienia dla setek uchodźców. Bracia czynnie angażują się w pomoc duchową
i materialną cywilom i powstańcom. Po kapitulacji Starówki 31 VIII 1944 r. zostają wyprowadzeni do obozu przejściowego w Pruszkowie. Kolejny raz w swej historii muszą opuścić klasztor. Tym razem na krótko. Powracają zaraz po wyzwoleniu, 20 I 1945 r., po 143. dniach nieobecności. Już następnego dnia na gruzach i śniegu przy ocalałym ołtarzu św. Antoniego odprawiona została pierwsza Msza św. w lewobrzeżnej Warszawie. Zrujnowany kościół w krótkim czasie został podniesiony z wojennych zniszczeń, a niedługo po nim również i klasztor.
Ostatnią próbę eksmisji zakonników z części zabudowań klasztornych podejmowały w latach 50.-tych władze komunistyczne PRL. Na szczęście rozwaga
i determinacja ówczesnych przełożonych pozwoliła zachować cały konwent.
Kiedy z dzisiejszej perspektywy spogląda się na cały ten dramatyczny ciąg zdarzeń skutkujących z jednaj strony opuszczaniem, a z drugiej uporczywym powracaniem franciszkanów na to miejsce, nie sposób nie dostrzec ich przywiązania do niego. Trudno się zresztą temu dziwić. Widać w tym także coś więcej – Bożą Opatrzność, która sprawia, że te powroty dochodzą do skutku i okazują się owocne.
o. dr Marek Sykuła OFMConv